Secara sejarah, sebelum kedatangan dan penyebaran Islam pada abad ke-15, dan penyebaran agama Kristian dari abad ke-19, penduduk di tanah itu adalah sama ada Hindu atau mengamalkan agama orang asli. Di Semenanjung, Islamisasi yang luas dikatakan bermula pada tahun 1409 selepas Parameswara menjadi Sultan Melaka dan ditukar menjadi Islam setelah menikahi puteri dari Pasai. Sejak itu, Kesultanan lain di Semenanjung Melayu telah menerima Islam. Sejak itu, dan berterusan selepas kemerdekaan Malaysia, Islam memainkan peranan utama dalam masyarakat Malaysia.Begitu juga di Malaysia Timur, agama rakyat tersebar luas sebelum ketibaan mubaligh Kristian dari Eropah. Amalan ibupejabat adalah perkara biasa dalam masyarakat ini.[2] Di Sabah, agama asli Momolianisme dianut oleh orang Kadazan-Dusun akan menyembah Kinoingan atau semangat Padi dan meraikan pesta Tadau Kaamatan atau musim menuai setiap tahun. Semasa Kaamatan, ada ritual tertentu yang harus dilakukan oleh para imam tinggi yang dikenal sebagai bobohizan atau bobolian dalam dialek Bundu-Liwan. Hari ini, kebanyakan Kadazandusun telah mengamalkan agama Kristian tetapi ada yang masih meraikan Kaamatan. Walau bagaimanapun, bilangan bobohizan telah jatuh ke bawah dan berada di ambang kepupusan.[3]

Di Sarawak, telah dikatakan bahawa animisme yang diamalkan oleh Iban dan kumpulan lain yang berkaitan adalah yang paling maju, dihuraikan, dan difahami di dunia.[4] Amalan agama rakyat di Malaysia Timur berkaitan dengan agama Kaharingan di Kalimantan, Indonesia, yang telah diakui sebagai agama rasmi oleh pemerintah Indonesia. Walau bagaimanapun, ritual yang terlibat tidak sama sepenuhnya dengan variasi bergantung kepada subkumpulan etnik yang mengamalkannya.